將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq 技術，能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA 區段。ChIP-Seq 的原理是：首先通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA 片段，并對其進行純化與文庫構建；然后對富集得到的DNA 片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA 區段信息。

目前，隨著人類基因組測序工作的基本完成，研究目的蛋白和整個基因組的相互作用逐漸成為研究的熱點。由于基因組中的信息量非常大，常規方法通常無法滿足科研的需要。近年來發展起來的ChIP-chip技術將基因組DNA芯片（chip）技術與染色質免疫沉淀技術（ChIP）相結合，為研究目的蛋白與整個基因組相互作用提供了可能。ChIP-chip 技術通過標記染色質免疫沉淀富集的DNA片段，和另一個被標記不同探針的對照組樣品一起，與DNA芯片雜交，再利用各種生物信息學方法對收集到的信號進行分析，具體的實驗步驟請參考Dr. Richard Young在Nature Protocols上的文章[1]。ChIP-chip技術已經被廣泛應用于研究轉錄因子在整個基因組中的信號網絡[2,3,4]，染色質修飾機制在基因組中的調控[5, 6]，DNA的復制，修復以及修飾[7, 8]，基因的轉錄與核運輸[9, 10, 11]等諸多方面。

染色質免疫沉淀技術還可用于分析兩種蛋白共同結合的DNA序列，即ChIP reChIP方法。ChIP reChIP是在第一次ChIP的基礎上不解交聯，而繼續進行另一個目的蛋白的免疫沉淀，從而得到與兩種目的蛋白都結合的DNA序列。值得注意的是，因為通過兩次免疫沉淀富集的DNA量比較少，所以在分析時通常要把多次免疫沉淀的DNA濃縮后再進行操作。